Il museo è l'erede del Museo patrio archeologico, fondato nel1862, e del più antico Gabinetto numismatico di Brera fondato nel 1808. Con le due torri delle mura massimianee, ove sono raccolte tutte le tracce di quando Milano era Capitale dell'Impero Romano d'occidente, assieme alla sezione etrusca, greca e barbarica